Sorge questa grotta in un ampio prato dietro la basilica ed è preceduta da un viale alberato. Vediamo però a chi va il merito della realizzazione di questo luogo di culto e le sue vicissitudini. 

Tra il 1896 e il 1924, prevosto di Arcisate fu don Giuseppe Cabrini, pastore zelante molto devoto alla Madonna di Lourdes. Il suo animo irrequieto lo spinse ben cinque volte verso la cittadina sui Pirenei. Dalle testimonianze della sua epoca sappiamo che ci andava per devozione e con grande devozione. Si preparava a lungo, sceglieva con cura i compagni di viaggio ed era solito dire che un viaggio a Lourdes valeva per lui di più di un corso di esercizi spirituali. Uno di questi viaggi lo intraprese con don Giuseppe Cappelletti, che poi gli sarebbe succeduto nella carica di prevosto. Dopo questo pellegrinaggio nacque nel cuore del prevosto don Giuseppe Cabrini il desiderio di riprodurre una grotta di Lourdes ad Arcisate. Voleva che la Madonna di Lourdes salvasse la fede di Arcisate, che ai tempi viveva “giorni ben tristi […] Povera gente ingannata da un avvenire di felicità, che non fu mai raggiunto, allontanava dalla Chiesa, e specialmente dai Sacramenti, tanta gioventù”, come si legge nelle fonti dell’epoca. Il prevosto cercò allora approvazioni, consensi e denari, decise di essere direttore dei lavori e trovò uno spazio, seppur piccolo, destinato alla sua particolare devozione. Nacque così la primitiva grotta di Lourdes, oggi non più esistente, che si apriva sul retro del Battistero di San Giovanni. Don Giuseppe Cabrini nella sua predicazione richiamava spesso la Madonna di Lourdes e, nel mese di maggio, voleva che la sua grotta brillasse di lumi e fosse abbellita dai fiori. Quando voleva celebrare la Santa Messa in onore della Madonna di Lourdes, lo faceva nell’attiguo Battistero di San Giovanni. Negli anni bui della Prima Guerra Mondiale, la sua cappelletta era costantemente circondata da madri e spose mentre, quando nel paese si aggiravano notizie di morte, il prevosto Cabrini si inginocchiava in lacrime davanti al cancello della cappellina. 

Ben presto, però, vista la grande devozione della gente, si volle dare nuovo lustro alla grotta della Madonna, anzitutto con una collocazione in uno spazio più ampio. In secondo luogo, era in progetto un intervento che avrebbe epurato il Battistero da tutte le aggiunte apportate nei secoli per riportarlo alle forme originarie e che, quindi, avrebbe eliminato anche la piccola grotta. Fu individuata una pezza di terra sul retro della basilica prepositurale. Artefice di questo rinnovo fu il già nominato don Giuseppe Cappelletti, che dal 1925 diventò prevosto di Arcisate. Questi si impegnò a fondo nella realizzazione del suo progetto: contribuì ai disegni, ai calcoli, indossava le vesti del capomastro e non disdegnava impugnare attrezzi del lavoro come pala o carriola. La prima pietra della nuova grotta fu posata nel 1929, il 19 marzo, giorno di San Giuseppe. All’interno di questa venne posta una pergamena che recita la seguente preghiera: 

I lavori proseguirono con grande rapidità, grazie anche all’intervento della popolazione. Sempre nel 1929, a lavori quasi ultimati, venne collocato lungo il viale che porta alla grotta il monumento di santa Barbara. Secondo la tradizione la santa morì a causa della sua fede cristiana per mano stessa del padre. Questi, dopo aver spiccato la testa della figlia con la sua spada, venne incenerito all’istante da un fulmine. Per questo motivo santa Barbara è venerata come protettrice di tutte le persone esposte ai pericoli di morte violenta causata dal fuoco, dalle tempeste e dagli scoppi di esplosivi e armi, quindi anche dei minatori. Numerosi furono infatti i cavatori che contribuirono a estrarre le pietre dalla cava del monte Crocino e metterle a disposizione per la costruzione della grotta.

Come accennato poche righe sopra, la grotta assunse la forma che conosciamo ora nel 1929, con la grotta principale che ospita l’altare, la nicchia più piccola che ospita la statua della Vergine e il piccolo locale adibito a sacrestia. Il progetto prevedeva però anche un campanile, anch’esso con pietre a vista, per richiamare le forme del millenario campanile della basilica. Veniva infatti chiamato affettuosamente il “nipotino”. Secondo il progetto, doveva avere tre piani, tutti marcati da archetti pensili, proprio come il campanile della basilica, più la cella campanaria, con due aperture ad arco su tutti i lati. La base del campanile doveva essere il locale ora adibito a sacrestia. Avrebbe dovuto ospitare anche tre campane, a fronte delle cinque del campanile maggiore, una in Mi naturale, una in Fa diesis e l’altra in Sol diesis. Tuttavia, l’idea del campanile venne poi abbandonata, plausibilmente per mancanza di fondi. 

Il prevosto Cappelletti fece appena in tempo a vedere il suo progetto realizzato, perché morì prematuramente il 21 novembre 1929, all’età di 54 anni. Resta questa sua eccezionale opera, benedetta con l’intervento di numerosi esponenti del clero. Da allora sempre grandi sono stati il rispetto e la devozione degli arcisatesi verso questo luogo di culto. Tra i numerosi contributi, vale la pena di ricordare i bassorilievi realizzati nel 2000 da Ermanno Abbiati, che cingono l’area di culto e rappresentano i misteri del Rosario.